Mit der Cloud auf Bakterienjagd

In einer Simulation haben Forschende des Instituts für Systemmolekularbiologie der ETH Zürich die dreidimensionale Struktur von Proteinen von Streptokokken-Bakterien berechnet, wie heute mitgeteilt wurde. Diese Erkenntnisse seien dringend benötigt für eine bessere Behandlung von oft lebensgefährlichen Erkrankungen durch multiresistente Bakterien.
 
Nützlich war die Wolke wegen ihrer Rechnerleistung: "Ohne Cloud Computing hätte dieses Experiment mehrere Monate gedauert. Nun bekamen wir die Ergebnisse innerhalb von nur zwei Wochen", erklärte der Forschungsleiter Lars Malmström.
 
Insgesamt berechnete sein Team in der Computerwolke circa 2,3 Millionen Modelle. Dazu musste die Plattform über 30'000 einzelne Rechenpakete verwalten und verteilen.
 
Hundert Parallelprozis
IBM stellte fast eine Viertelmillion Stunden Rechenzeit auf insgesamt 1000 parallelen Prozessoren zur Verfügung. "Das war ein Supercomputer aus der Wolke, aufgesetzt und betriebsbereit innerhalb weniger Stunden", freute sich Roland Reifler von IBM Schweiz.
 
Als Software wurde die quelloffene Lösung Rosetta eingesetzt, eine Suite für die Berechnung dreidimensionaler Proteinstrukturen. Das ETH Spin-Off CloudBroker war dafür verantwortlich, Software und Infrastruktur über ihre Plattform zu verbinden und zu betreiben. (pk)